ncbi中有哪些数据库，简答PubMed中的My NCBI 包括什么内容

本文目录一览

1，简答PubMed中的My NCBI 包括什么内容
2，ncbi基因组数据库包括了哪些文件
3，谁知道怎样在NCBI中找数据库

1，简答PubMed中的My NCBI 包括什么内容

因为PubMed是由美国国立生物技术信息中心-National center for biotechnology information(NCBI)推出的数据库，所以在PubMed页面左上角有NCBI字样。My NCBI 相当于你自己在PubMed中个人注册的个人账户界面，需要注册或者登陆。在“My NCBI”中，可以对检索主题的保存情况进行设置；给检索式命名并定期将最新的信息发送到邮箱中等，这样可以对PubMed重的相关信息进行跟踪，当再次进行同样地检索操作时，就不需要逐个输入检索词，而仅仅运行保存的检索策略就可以了。

简答PubMed中的My NCBI 包括什么内容

2，ncbi基因组数据库包括了哪些文件

NCBI对BLAST进行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的BLAST比对结果页面中，“图形化概要(Graphic Summary)”、“具体描述(Descriptions)”以及“序列比对(Alignments)”等部分页面都可以展开和收起。此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(Formatting)”和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了CSV格式下载。这样，读者可以轻松地将BLAST的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，BLAST比对结果页面上的“Alignments”部分还提供了每一条命中序列在Entrez Gene中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed数据库中与该基因有关条目的数目等。

ncbi基因组数据库包括了哪些文件

3，谁知道怎样在NCBI中找数据库

NCBI 分类学数据库（taxonomy database）不是分类学或系统发育信息的信息源（primary source），而且也没有自己的一套完整的分类学系统，相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识，包括发表的文献、基于网络的数据库、序列提交者的建议以及来自NCBI 外部的分类学专家。因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al., 2000）。获取序列所对应的分类学信息有两种方法。一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。对于Windows 用户还有一个文件称为taxdump.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gc.prt 联合使用；merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodes.dmp 是结点信息；division.dmp 是较大的几个分类；names.dmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地，通过本地程序或脚本搜索文本，来建立gi 号与Taxid 之间的联系（图）。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序，通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。NCBI 用来保存Taxonomy信息的数据库名称为TAXON。

谁知道怎样在NCBI中找数据库