lncrna都有哪些数据库，有没有验证过的lncrna数据库

本文目录一览

1，有没有验证过的lncrna数据库
2，生物信息学中分析lncRNA的工具有哪些
3，如何找出lncRNA的全长
4，如何查找已知lncRNA信息
5，小鼠circrna数据库齐全吗

1，有没有验证过的lncrna数据库

lncRNA其实也是基因的一种转录本，所以你可以到那些RNA相关的大数据库比如ncbi，hgnc等。你也可以到那些专一收集整理lncRNA的数据库比如lncRNAdb LNCiped.org这些数据库中去查询。。肯定能找得到。。

没有

有没有验证过的lncrna数据库

2，生物信息学中分析lncRNA的工具有哪些

生物信息学中分析lncRNA的工具有哪给你一个大致的筛选标准：（1）选择长度≥200bp，Exon个数≥2的转录本；（2）通过计算每条转录本的Reads覆盖度，选择Reads最小覆盖度≥3的转录本；（3）去除已知的mRNA转录本(通过和已有注释文件比对)（4）去除已知的非编码RNA转录本（比对一些已有的lncRNA数据库了）（5）去除有蛋白家族的转录本（能够注释到Pfam数据库）；（6）去除有编码潜能的RNA（CNCI，CPC，这两款软件都可以给出一个编码能力的预测）

同问。。。

生物信息学中分析lncRNA的工具有哪些

3，如何找出lncRNA的全长

1．lncrna简要 lncrna是一类转录本长度超过200nt的rna，它们本身并不编码蛋白，而是以rna的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。生物体内含量相相当丰富，约占rna的4-9%（mrna约占1-2%）。

lncRNA其实也是基因的一种转录本，所以你可以到那些RNA相关的大数据库比如ncbi，hgnc等。你也可以到那些专一收集整理lncRNA的数据库比如lncRNAdb LNCiped.org这些数据库中去查询。。肯定能找得到

如何找出lncRNA的全长

4，如何查找已知lncRNA信息

转录本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA。以前说转录本都是说表达蛋白的。现在LncRNA的研究多了，也说是一个转录本了。还有没有参考基因组序列的，一般是不可能去GO功能注释的。因为去功能注释的时候要有一个背景。

给你一个大致的筛选标准：（1）选择长度≥200bp，exon个数≥2的转录本；（2）通过计算每条转录本的reads覆盖度，选择reads最小覆盖度≥3的转录本；（3）去除已知的mrna转录本(通过和已有注释文件比对)（4）去除已知的非编码rna转录本（比对一些已有的lncrna数据库了）（5）去除有蛋白家族的转录本（能够注释到pfam数据库）；（6）去除有编码潜能的rna（cnci，cpc，这两款软件都可以给出一个编码能力的预测）

5，小鼠circrna数据库齐全吗

1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标。

随着对circrna研究的越来越多，已知的circrna数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circrna相关的数据库列表，希望能帮到您：1.circbase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circrna数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circrna信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latcha1)、腔棘鱼 (latcha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circbase支持的circrna id号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circrna信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circrna数据。2.circrnabase[2] , 该数据库通过整合已发表的circrna数据，构建mirna与circrna以及circrna与rna结合蛋白（rbp)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/mircircrna.php3.circ2traits[3] ，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circrna数据库。该数据库通过预测mirnas和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状rna间的相互作用关系，构建了相互作用网络,　并对mirnas-circrna相互作用组中的蛋白编码基因进行了go富集分析；此外，将与疾病相关的snps位点定位到circrna基因座上，并鉴定了环状rnas上的ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/4.circnet[4]，利用464个rna-seq测序数据，进行新circrna预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circrna表达情况，构建circrna-mirna-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月。网址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/5.deepbase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circrna基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circrna的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/6.circinteractome[6]该数据库预测了已知的109个rna结合蛋白数据集与circbase中的circrna的结合位点，并利用targetscan软件预测了mirnas与circrna的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/你也可以上肽度时界（timedoo）查看circrna（环状rna）学术解读资料。