miRNA靶数据库有哪些，哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

来源：整理时间：2024-04-27 11:26:17 编辑：黑码技术手机版

本文目录一览

1，哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因
2，mirna靶基因预测的软件有哪些
3，mirna数据库怎么用详细的中文

1，哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）

请问mirna靶基因验证时怎么突变靶基因的3utr结合位点 - 分子...例如:靶基因和mirna的结合位点序列为:cauuuca,那应该怎么突变,不知道是突变其中一个还是几个碱基。看文献有的只突变1个碱基,有的突变2个碱基,不知道有没有什么

哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因

2，mirna靶基因预测的软件有哪些

免疫沉淀当然，确定miRNA与mRNA之间的互作，我们还有更直接的方法，那就是从实验上寻找物理相互作用。我们可以利用RNA诱导沉默复合物（RISC）中的Argonaut（AGO）蛋白的抗体进行免疫共沉淀（co-IP）。生物通目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物，然后开展深度测序以鉴定发现的RNA，这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用这种方法来寻找miRNA的靶基因，能够明显降低miRNA结合位点的假阳性预测率，并且缩小miRNA结合位点的空间范围，可在全基因组范围内鉴定AGO蛋白与不同RNA上的结合。现在有多家公司提供CLIP-seq服务，如锐博生物。 Clontech公司（Takara旗下）也推出了一种新工具，能协助鉴定细胞中的miRNA靶点。这一工具名为MirTrap系统。它利用RISC蛋白的显性失活突变体，允许miRNA与其目标结合，但限制进一步的加工。此亚基整合到内源的Argonaute/RISC复合物中，并“锁定”miRNA-目标mRNA。显性失活亚基上的DYKDDDDK（FLAG表位）标签有助于整个Ago/RISC复合物的捕获和分离。这样就能实现miRNA及其目标的免疫沉淀，从而通过新一代测序或定量PCR来鉴定或定量。

mirna靶基因预测的软件有哪些

3，mirna数据库怎么用详细的中文

如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等

以下是常用的microrna靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） mirbase：众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。（2） starbase：一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。（3） tarbase：一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。（4） mirecords：一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。（5） targetscan: 基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。（6） pictar：基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件，假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。（7） pita：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。网址：（8） rna22：基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。（9） miranda和microrna.org：是著名的memorial sloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。（10） microcosm：embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。（11） mirtarbase：整合实验证实的microrna靶标的数据库。（12） mirgator v2.0：整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。（13） mirnamap:动物的microrna基因及其靶标的数据库。（14） mirdb: 动物microrna靶标预测和功能注释数据库。（15） rnahybrid：一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标的软件。（16） mirgen：microrna基因和microrna靶标数据库。（17） targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小rna的靶标软件。（18） miru, psrnatarget: 一个网页版的植物microrna靶标预测工具。（19） cleaveland:一个基于mrna降解组数据预测microrna靶标的工具。（20） target-align：一个就鉴定植物microrna靶标的工具。

mirna数据库怎么用详细的中文