肺癌研究数据库有哪些，求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接

来源：整理时间：2024-07-27 07:39:31 编辑：黑码技术手机版

本文目录一览

1，求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接
2，mirna数据库怎么用详细的中文
3，哪个数据库能找到已经被验证的与特定疾病有关的mirna
4，miRBase 中收录的miRNA都是实验验证的吗
5，脑瘤传染吗

1，求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接

你好！这个目前做的好的都是英文的好像如有疑问，请追问。

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。（12） miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。（14） miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。（17） Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。（18） miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。

求个肺癌相关 miRNA数据库最好是中文的求个链接

2，mirna数据库怎么用详细的中文

如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等

以下是常用的microrna靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：（1） mirbase：众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。（2） starbase：一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。（3） tarbase：一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。（4） mirecords：一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。（5） targetscan: 基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。（6） pictar：基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件，假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。（7） pita：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。网址：（8） rna22：基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。（9） miranda和microrna.org：是著名的memorial sloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。（10） microcosm：embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。（11） mirtarbase：整合实验证实的microrna靶标的数据库。（12） mirgator v2.0：整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。（13） mirnamap:动物的microrna基因及其靶标的数据库。（14） mirdb: 动物microrna靶标预测和功能注释数据库。（15） rnahybrid：一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标的软件。（16） mirgen：microrna基因和microrna靶标数据库。（17） targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小rna的靶标软件。（18） miru, psrnatarget: 一个网页版的植物microrna靶标预测工具。（19） cleaveland:一个基于mrna降解组数据预测microrna靶标的工具。（20） target-align：一个就鉴定植物microrna靶标的工具。

mirna数据库怎么用详细的中文

3，哪个数据库能找到已经被验证的与特定疾病有关的mirna

这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）

1、starbase一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip,par-clip,iclip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库,包含了mirna-mrna，mirna-lncrna，mirna-circrna，mirna-cerna 和rna-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。2、mirbase众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。最新版本发布时间：2010年9月。3、chipbase整合clip-seq和chip-seq的数据探讨microrna的转录和转录后调控，构建转录因子->microrna->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。4、tarbase一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。5、mirecords一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。6、targetscan基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。7、pictar基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因。假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。8、pita基于靶位点的可接性和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。9、rna22基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。10、miranda和microrna.org是著名的memorialsloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。最新版本发布时间：2010年8月。11、microcosmembl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。12、mirtarbase整合实验证实的microrna靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。13、mirgator v2.0整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。14、mirnamap动物的microrna基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。15、mirdb动物microrna靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。16、rnahybrid一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。17、mirgenmicrorna基因和microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

哪个数据库能找到已经被验证的与特定疾病有关的mirna

4，miRBase 中收录的miRNA都是实验验证的吗

1、starBase一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。2、miRbase众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。3、ChIPBase整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。4、Tarbase一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。5、miRecords一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。6、targetScan基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。7、PicTar基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。8、PITA基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。9、RNA22基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。10、miRanda和microRNA.org是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。11、MicroCosmEMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。12、miRTarBase整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。13、miRGator v2.0整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。14、MiRNAMap动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。15、miRDB动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。16、RNAhybrid一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。17、miRGenmicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

实验手段也不见得完全可靠，不可靠的信息也逐渐多起来了。这也是为什么随着版本升级一些mirna会dead或者modified的原因。mirbase中的mirna很大一部分是计算预测得到的，看evidence即可。每一条mirna记录页面都有显示该mirna的文献来源。在deep sequencing流行之后，是否是实验发现的自然很容易判断，mirbase增长速度明显加快。当然显然不是

5，脑瘤传染吗

脑瘤在我国比较常见，那么脑瘤是一种什么样的疾病呢？笼统的说脑瘤应该包括很大一部分，一部分就是原发性，长在脑部的，主要是长在神经系统的一种常见的严重的疾病，这里面有很多类型，包括新型细胞瘤，脑胶质瘤很多很多类型；还有一类就是其他癌症转移到脑的，比如说肺癌、乳腺癌、肾癌、都有可能转移到脑，所以脑瘤大致分成两大类，就是在颅内出现了占位的病变，它常常可以发生在脑膜、脑血管、脑神经以及胚胎的产生组织当中，是一种很明显的占位，所以笼统地说就叫脑瘤。　　脑肿瘤分为原发性和继发性两大类，原发于颅内的脑膜、脑、神经、血管、颅骨及脑的附件，如脉络丛、脑垂体、松果体等，称为原发性颅内肿瘤；也可以从身体其他部位的肿瘤扩散而来，称为继发性或转移性肿瘤。　　细菌性脑膜瘤发生后，愈早治疗愈好，发生脑膜瘤而不加治疗，最后会致死。经过适当治疗后，大多数患者会完全康复，但也有少数患者会留下诸如耳聋、失明及（或）精神状态恶化等永久性伤害。对婴儿及老年人来说，更有无法复原或遗留长时间性损伤的危险性，这是由于他们的抵抗力都比较弱。　　病毒性脑膜瘤的严重性比细菌性脑膜瘤轻一些。在大多数情况下，病毒性脑膜瘤会完全康复，不留后遗症。如何治疗你必须住院，直到脑膜感染被清除为止。如果感染是属于细菌性的，医生会给你服用大剂量的抗生药物，这些药物可能是用点滴的方法，直接注入静脉。注射抗生药物的时间可长达两周，大多数病毒并不会被抗生药物消灭，因此，在患了毒性脑膜瘤时，通常不会使用抗生药物。你可能在两到三周之内痊愈，痊愈的速度要看发病的严重程度而定。　　病毒性脑瘤是一组由各种病毒感染所引起的中枢神经系统感染性疾病，是临床最常见的无菌性脑瘤。患者主要表现为发热，头痛，呕吐，腹泻及食欲减退等症状。那么，病毒性脑瘤会传染吗？专家指出，病毒性脑瘤是不会传染的。　　病毒性脑瘤是指病毒直接侵犯脑实质而引起的原发性脑瘤。其致病毒包括虫媒病毒、疱疹病毒、肠道病毒、风疹病毒、腺病毒等。本病一年四季均有发生。病毒性脑瘤患者的症状轻重差别很大。既有高热不退者，也有仅为低热者。通常都有不同程度的头痛、呕吐、精神面色不好，困倦多睡。重者可有抽风、昏迷、肢体瘫痪、呼吸节律不整等表现。由于病毒的种类不同，脑瘤的表现也就多种多样。流行性乙型脑瘤（简称脑瘤）是由带病毒的蚊子传播而发生，最易引起高热、抽风、昏迷。发病急骤，进展迅速，致残率及病死率均较高。　　二、　　脑瘤是不是能传染呢？对于这个问题现代医学尚不甚明了：①对于遗传因素，近年来只有认为胶质瘤有遗传倾向；②脑胚胎组织发育异常；③化学因素，近年来认为致癌物甲基胆葱及甲基业硝脲或乙基亚硝脲口服或静注都可致脑胶质瘤；些病毒病因，国外一些学者用某些病毒能在多种动物身上诱发小本瘤，但在人身上未能证实。　　传染的概念，简单地说，就是某种疾病从一个人身上通过某种途径传播到另一个人身上。传染必须具备三个条件：传染源、传播途径及易感人群，三者缺一不可。临床资料证明，脑瘤病人本身并不是传染源。脑科医院专家做过这样的实验，从癌症病人身上取下的癌组织直接种植在另一个人身上，并不能成活生长。尽管目前认为某些癌症的发生与某些病毒有关，如：子宫颈癌，鼻咽癌，白血病，但至今还不能证实感染上某些病毒就一定地得某种癌症的说法。　　同家族中多人患脑瘤，只能说明脑瘤有家族遗传基因，特别是星形细胞瘤（脑胶质瘤）的同家族发病率较高。但是要说明的是，不是家族中有脑瘤患者，下一代或隔代中就必然会有人患脑瘤。因为脑瘤的形成原因有很多，目前认为，诱发脑瘤发生的因素有：遗传因素、物理因素、化学因素和致瘤病毒等等。　　前世界上未将脑瘤列为传染病，收治病人也没有采取像传染病那样的隔离措施。神经外科或肿瘤科的医护人员，他们的肿瘤发病率并不比一般人群高。动物实验也证明，将患癌动物和健康动物长期关在一起，经过反复观察和检查，也未见有任何传染现象。　　癌症是不会传染的，脑瘤同样也是如此。事实上，传染必须具备三个条件：传染源、传播途径及易感人群，三者缺一不可。临床资料证明，癌症病人本身并不是传染源。专家做过这样的实验，从癌症病人身上取下的癌组织直接种植在另一个人身上，并不能成活生长。尽管目前认为某些癌症的发生与某些病毒有关，如：子宫颈癌，鼻咽癌，白血病，但至今还不能证实感染上某些病毒就一定地得某种癌症的说法。　　临床资料证明，脑瘤病人本身并不是传染源。专家做过这样的实验，从脑瘤病人身上取下的癌组织直接种植在另一个人身上，并不能成活生长。尽管目前认为某些癌症的发生与某些病毒有关，但至今还不能证实感染上某些病毒就一定地得某种癌症的说法。到目前为止，可以肯定地说，脑瘤不会传染。　　兄弟姐妹中的年幼者常常因为爱哭和好斗被当成祸害，据《自然》杂志在线报道，一项最新的研究表明，他们也可能是年长兄弟是否患有脑瘤的影响因素。　　长期以来，脑瘤的成因是科学家难以参透的谜团，这不仅由于它们非常罕见，同时收集足够案例找出共同成因也很难。不过，科学家已经有一个概念，就是它与滤过性病毒感染有关，因为它们正在导致宫颈癌和其他一些癌症。　　据报道，一个由海德堡德国癌症研究中心(GCRC)Andrea Altieri领导的研究小组以一个人的兄弟姐妹数量作为他遭受感染数目的替代测量方法，以便对上述问题进行研究。这一想法之前曾被流行病学家使用，意思是一个孩子弟弟妹妹的数量越多，可能受到病毒的影响就越大。　　该小组发现，有4个或者更多同胞的人，无论他们是兄弟还是姐妹，比那些独生子女患上特定种类脑瘤和神经系统肿瘤的几率很可能大一倍。兄弟姐妹的数量是我们目前所知的患神经系统癌症的最高风险因素之一，Altieri说。　　该小组通过一个瑞典的癌症数据库--目前世界上最大的家族癌症登记处，对超过13600个神经系统肿瘤案例进行了分析。他们发现，拥有3个或者3个以上弟弟妹妹的孩子在童年或者少年时期患某种肿瘤的几率是独生子女的3.7倍。然而，有许多哥哥姐姐的孩子患病风险并没有这么大。　　三、脑瘤的护理　　1、心理护理：多数病人在正常生活、工作中突然受伤或者由于疾病所致偏瘫等，这类病人的心理变化常表现为抑郁、愤怒、内疚，悔恨造成的本人及家庭悲剧。癌症病人出院后要注意家庭环境的温馨，保持病人的心理健康，家庭成员要全身心地给予关怀和照顾，让病人体会到家庭的温暖，提高生存欲望。　　2、注意给予高蛋白、高营养易消化饮食，根据病人不同的治疗时期，调节以适合病人口味，利于营养及康复的食品，增强病人的体质。多食蔬菜、水果促进肠蠕动，以利体内毒素的排泄。　　3、语言康复训练：首先要给患者足够的自信心，要有耐性，从简单的单音、双音到句子，每进步一点都要及时给予表扬和鼓励。多在她身边回忆往事，多谈一谈开心事情，要象大人哄小孩子一样对待她们，要有爱心并有尊重的意愿，使她们愉快地生活好每一天。　　4、适度的工作，根据病情恢复的程度，可以参加一些力所能及的工作，保持心情舒畅，从工作中体会到自身的价值，但需注意劳逸结合。　　5、肢体功能锻炼：病人出现偏瘫、卧床期间家属要协助其做肢体被动功能锻炼。病情康复后鼓励病人做主动锻炼，如站立练习，开始可做有依靠站立，如背靠墙，扶拐杖等。同时，指导病人做坐、站练习，登台阶练习可以改善下肢肌力。患侧上肢主要做各关节的主动练习，加强掌指关节活动与拇指的对指练习，以促进手功能顺利康复。　　6、生活处理能力训练：对肢体乏力的闰内，家属可以引导其练习各种捏握方法，进而学习使用梳子、刷子、练习自己洗脸、洗澡、用手摄取食物等，使病人获得生活处理的满足感。　　四、脑瘤的预防　　1、养成良好的生活习惯，戒烟限酒。吸烟，世界卫生组织预言，如果人们都不再吸烟，5年之后，世界上的癌症将减少1/3；其次，不酗酒。烟和酒是极酸的酸性物质，长期吸烟喝酒的人，极易导致酸性体质。　　2、不要过多地吃咸而辣的食物，不吃过热、过冷、过期及变质的食物；年老体弱或有某种疾病遗传基因者酌情吃一些防癌食品和含碱量高的碱性食品，保持良好的精神状态。　　3、不要食用被污染的食物，如被污染的水，农作物，家禽鱼蛋，发霉的食品等，要吃一些绿色有机食品，要防止病从口入。　　4，加强体育锻炼，增强体质，多在阳光下运动，多出汗可将体内酸性物质随汗液排出体外，避免形成酸性体质。　　5、生活要规律，生活习惯不规律的人，如彻夜唱卡拉OK、打麻将、夜不归宿等生活无规律，都会加重体质酸化，容易患癌症。应当养成良好的生活习惯，从而保持弱碱性体质，使各种癌症疾病远离自己。　　6、有良好的心态应对压力，劳逸结合，不要过度疲劳。可见压力是重要的癌症诱因，中医认为压力导致过劳体虚从而引起免疫功能下降、内分泌失调，体内代谢紊乱，导致体内酸性物质的沉积；压力也可导致精神紧张引起气滞血淤、毒火内陷等。

不会的