tcga中有哪些肿瘤数据库，怎么查各种癌组织的microRNA数据有什么数据库可以推荐啊谢谢

来源：整理时间：2024-10-22 13:38:35 编辑：黑码技术手机版

1，怎么查各种癌组织的microRNA数据有什么数据库可以推荐啊谢谢

好像还没有这样的数据库。癌症比较复杂，microRNA在癌症中的表达谱差别比较大，各阶段、各类型、甚至个体之间也有差别，结论也不完全统一。可以查一下最近microRNA相关的综述,可能会有比较全的介绍

怎么查各种癌组织的microRNA数据有什么数据库可以推荐啊谢谢

2，tcga fpkm数据为什么有3个

countsfpkmfpkm-UQ其中最常用的是counts，也就是基因未经过处理的表达量FPKM和FPKM-UQ是两种不同的矫正方法，也就是对counts数做矫正处理。你可以下载原始数据下来对比，就很容易理解

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3，关于TCGA数据库的问题新手求助

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的，肿瘤本身具有远端转移特性，从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关，就需要点进去查看相关文献，把各种蛋白摸透，才能够搞定，如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了

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4，有没有可以查询肿瘤中基因突变的数据库

这个在《佳学基因人体基因序列与疾病表征数据库》里的有，这个是佳学基因特有的数据库，运用的是基因解码技术，这也是为什么一般基因检测无法达到基因解码的精准度与全面性的原因。

基因突变并不代表就是致病的基因突变，看你做什么基因检测，一般肿瘤患者做的基因检测，基本上都是用药指导的基因检测，看是否适合吃这类药物，有没有效果

5，如何快速掌握TCGA数据库

tcga工作组发的文章。The Cancer Genome Atlas （TCGA，数据库。TCGA数据源大部分都是公开的。目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有cBioPortal ），ICGC（和GenePattern（

tcga工作组发的文章。the cancer genome atlas （tcga，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgahome2.jsp）数据库。tcga数据源大部分都是公开的。目前来能够从tcga数据库中提取数据的处理工具有cbioportal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），icgc（http://dcc.icgc.org/download/current）和genepattern（http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/download/index）。