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tcga数据库中有哪些癌症数据,关于TCGA数据库的问题新手求助

来源:整理 时间:2024-12-19 19:59:20 编辑:黑码技术 手机版

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1,关于TCGA数据库的问题新手求助

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的,肿瘤本身具有远端转移特性,从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关,就需要点进去查看相关文献,把各种蛋白摸透,才能够搞定,如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了

关于TCGA数据库的问题新手求助

2,血液中哪些指标提示肺癌或肺癌转移

血液中查到癌细胞可确诊肺癌发生血行转移,但是此项检查并未在临床常规开展,只在科学研究中使用。因此,目前没有血液中的指标可以100%确诊肺癌转移,但是却具有提示意义,可供有经验的肺癌专业医生结合临床其他指标进行判别。1.血液生化检查:对于原发性肺癌,目前无特异性血液生化检查。肺癌患者血浆碱性磷酸酶或血钙升高考虑骨转移的可能,血浆碱性磷酸酶、谷草转氨酶、乳酸脱氢酶或胆红素升高考虑肝转移的可能。2.血液肿瘤标志物检查:目前尚并无特异性肺癌标志物应用于临床诊断,如下检查,作为肺癌评估的参考:(1)癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA):目前血清中CEA 的检查主要用于判断肺癌预后以及对治疗过程的监测。(2)神经特异性烯醇化酶(neurone specific enolase,NSE):是小细胞肺癌首选标志物,用于小细胞肺癌的诊断和治疗反应监测。(3)细胞角蛋白片段19(cytokeratin fragment,CYFRA21-1):对肺鳞癌诊断的敏感性、特异性有一定参考意义。
可以检查一些肿瘤指标,包括癌胚抗原,ca199 153 ,这些都可以去看下。

血液中哪些指标提示肺癌或肺癌转移

3,如何使用tcga

TCGA数据库发展很快,使用频繁,可以发到不错的文章,TCGA数据库包含的内容非常多,下载资料的方式也是非常独特。临床数据,基因数据,miRNA数据,下载这些数据做差异分析,然后做生存分析是比较常见的方法。如果下载,如何整体,我们有相关的方法,这里不能发链接,你需要进去我的百度页面,进入我们的网页,可以学到很多TCGA的数据挖掘信息。希望对你有帮助
2013-01-11 06:34tcga原始数据下载方法1, 安装genetorrent-3.3.4-ubuntu11.x86_64.tar.gz2, 安装cgquery-2.1.3.tar.gz3, 进入https://browser.cghub.ucsc.edu4, 选择生成manifest.xml或者用cgquiry生成xml5, 向nih购买credential6, cgquery "xml_text=\"library_strategy>rna-seq\"&disease_abbr=luad&state=live -o myquery.xml7, gtdownload -c /path/to/mykey.pem -d /path/to/myquery.xml -v -c /path/to/genetorrent/ -p /path/to/savedata/ ok,现在你就得到tcga海量的原始测序文件了. 注意如果你之前add something into the cart, you should remove them.

如何使用tcga

文章TAG:tcga数据库中有哪些癌症数据关于TCGA数据库的问题新手求助

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