转录组数据传ncbi哪个数据库，如何将转录组数据上传到ncbi

来源：整理时间：2023-11-12 19:13:24 编辑：黑码技术手机版

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1，如何将转录组数据上传到ncbi
2，转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库
3，转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库
4，NCBI选择数据库

1，如何将转录组数据上传到ncbi

过程有点复杂，如果是让公司测序，可以让他们帮你传呀不行的话ncbi有传的英文教程稍微啃下应该没问题的

如何将转录组数据上传到ncbi

2，转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

Unigene其实没有一个标准的定义。大体的概念是经过去冗余之后得到的基因序列，这条序列和其他的序列是非冗余的，也就是理论上其他序列都和此序列代表的不是同一个基因。或者是经过聚类后得到的不同的类，类和类之间是非冗余的，每个类可以认为唯一的代表一个基因。不同的去冗余和聚类的方法得到的结果都可以称为unigene。另外NCBI上也有Unigene的概念，是NCBI用自己的方法对序列进行聚类，它认为每一个类都唯一的代表一个基因，并赋予一个编号：物种名字.数字，比如小麦的一个例子：Ta.191，这也是较常用的Unigene.

转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

3，转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

xshell连接NCBI服务器输入命令 ftp 连接成功后输入账号密码mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名FTP 连接成功后连接成功后进入刚才建立的BioProject文件夹把原始数据拖进去即可传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失全部文件夹都传输成功了会变成queued然后就等NCBI处理了

转录组测序所得的数据怎样传到NCBI的SRA数据库

4，NCBI选择数据库

原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守，所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。在做BLAST的时候，我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。例如，要看一下测的序列是不是子集所期望的序列，以及，那nr数据库是最好的选择。至于以谁为准，因需要解决的问题而异。读一下blast每个数据库的定义，对于你选择数据库最有帮助。有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求。少数特殊需求可以通过其他数据库完成，例如最近30天内的更新序列，搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据。详参NCBI Blast说明。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases